Света Гора је током 15. вијека пала под османску власт. Под османском управом нашао се и Хиландар. У почетку, султан Мурат II je Cв. Гори оставио самоуправу, под условом да плаћају харач. Света Гора је била ослобођена било којих ванредних пореза. Ипак, први период након османског освајања је био пун безвлашћа и генералне нестабилности. Зато је 1457. султан Фатих Мехмед издао ферман којим је потврдио старе слободе светогорцима. Хиландар је дијелио судбину светогорских манастира. Нестанком Српске деспотовине 1459. нестао је и највећи пријатељ манастира. Хиландар је иначе током друге половине 15. вијека постао трећи најважнији манастир на Св. Гори, потиснувши Ивирон. Ово стање ће се одржати још два вијека. Манастир Хиландар је током овог периода имао добру управу, одржавао је односе са православним владарима и сл. Међутим, Хиландар се суочавао и са тешким ситуацијама. Османска држава је стално ратовала са хришћанским државама, што је довело до повећања тензија између муслимана и хришћана у Османском царству. Монаси су се посебно нашли на удару. Оптуживали су их да раде за непријатеља, да одају тајне непријатељу и сл.
Иако су османски султани мање-више поштовали аутономију Св. Горе, 1569. то се нагло прекинуло. Османлије су одлучиле да конфискују имања светогорских манастира. Ипак, Хиландар је ту кризу пребродио релативно лакше од других манастира. Тада су се појавили документи о манастирским имањима који су били пресудни докази у споровима. Иако је српска држава нестала, Хиландар је ипак успио некако да преживи. Мара Бранковић је убиједила влашке владаре да преузму ктиторство над манастиром,а почетком 16. вијека Хиландарци су успјели од Дубровчана да добију „стонски доходак“. Прича како су Хиландарци успјели да добију стонски доходак је интересантна. Наиме, Хиландарци су неке фалсификоване повеље цара Уроша однијели код великог везира Ахмед-Паше Херцеговића који је убиједио Дубровчане да доходак исплаћују Хиландару. Према свему судећи, Република је овај доходак Хиландару исплаћивала све до краја њеног постојања. Доходак су Хиландарци дијелили са једним другим светогорским манастиром, манастиром Св. Павла, и то у омјеру 3:2 у корист Хиландара. Влашки владар Басараб Цепелуш је 1481. успио да од султана добије значајне повластице за Хиландар.
Прву ктиторску повељу влашких владара Хиландару је издао Влад Калуђер 1492. У почетку је Хиландар од Влашке добијао 5,000 акчи годишње, а касније је тај износ повећан на 10,000, а 1589. налазимо податке од 15,000 акчи. Влашки владар Њагоје је 1512. поправио хиландарски водовод. Ктиторске дужности су се прихватили и молдавски владари. Тако је Петар Рареш у хрисовуљи из 1533. одредио годишњу помоћ од 3,000 акчи. Ако бисмо поредили влашку и молдавску помоћ, морали бисмо признати да је влашка помоћ ипак била значајнија. Међутим, Хиландару је помагала још једна значајна држава: Русија. Везе Хиландара са Русијом су успостављене током владавине Ивана Грозног. То не значи да Русија није помагала Хиландар и раније, али то је било у склопу опште помоћи Св. Гори. Од 1550-их успостављена је редовна руска помоћ Хиландару. Иако су прилике у Русији често онемогућавале редовну исплату, руска помоћ је била веома значајна. Осим новца, Хиландар је добијао и вриједне иконе, књиге и друге ствари. Оно што је интересантно је да је Хиландар од Русије примао дупло већу помоћ него руски светогорски манастир Св. Пантелејмона. 1556. Хиландарцима је руски цар додијелио двор у московском Китај-городу. Хиландарци су овај двор издавали што им је доносило солидан приход. 1557. обновљена је Српска патријаршија. Хиландар је и кроз наредне вијекове имао тешке тренутке, али је макар имао српску цркву уз себе.
