Ђинђић је убијен 12. марта 2003. године на улазу у зграду Владе Србије. пре тога више пута је на њега покушан атентат, а нарочито је у сећању онај покушај убиства премијера код тадашње хале „Лимес“, када је припадник земунског клана Дејан Миленковић Багзи камионом попречио пут колони возила у којој се налазио Зоран Ђинђић.
Патријарх српски Павле и чланови Светог архијерејског синода посетили су 12. марта увече породицу преминулог Ђинђића и изјавили саучешће.
Митрополит Амфилохије рекао је да 2003. године његова светост патријарх СПЦ Павле није хтео да присуствује Ђинђићевој сахрани.
– Међу нама речено, патријарх Павле није хтео да присуствује сахрани Ђинђића – рекао је том приликом Амфлохије у интервјуу подгоричкој телевизији Атлас.
Митрополит Амфилохије је на Ђинђићевој сахрани рекао да „ко потегне мач, од мача ће страдати“.