У нападу на сарајевску пијацу Маркале 1994. године, за шта је брзопотезно оптужена Војска републике Српске, страдало је 66, а рањено 140 особа. Много година потом званичници УНПРОФОР-а али и представници армије БиХ негирали су да постоје докази да су Срби криви за тај масакр, напротив.
Сведочећи у одбрану Ратка Младића, бивши припадник обезбеђења Алије Изетбеговића тврдио је пред Хашким трибуналом, да су напад на сарајевску пијацу Маркале, у зиму 1994, организовали Изетбеговић и исламски верски поглавар Мустафа Церић, а спровели генерали Армије БиХ.
Под псеудонимом КW-586, скривеног лика и електронски измењеног гласа, сведок је изјавио да је као припадник специјалне јединице „Бисери“, 1992-94, био у обезбеђењу Председништва БиХ које је заседало у згради Народне банке у Сарајеву. Караџић је у судници цитирао документ власти БиХ, као потврду да је сведок заиста био у јединици „Бисери“.
КW-568 тврдио је да је имао прилику да чује шта су председник Председништва Изетбеговић, његов син Бакир, поглавар Исламске верске заједнице БиХ реис-ул-улема Мустафа Церић и други званичници говорили на састанцима.
Изетбеговића и остале, сведок је оптужио да су плански изазивали цивилне жртве у Сарајеву, укључујући пијацу Маркале, и у Сребреници, да би оптужили босанске Србе и изнудили војну интервенцију НАТО у корист Муслимана.
„Најснажнији утицај“ на Изетбеговића, по сведоку, имао је реис-ул-улема Церић. Изетбеговићев главни циљ била је да се испослује интервенција Запада на страни Муслимана „изазивањем масовне патње“ у Сарајеву и Сребреници, провоцирањем Срба да узврате ватру на цивилне објекте, укључујући болнице.
КW-586 посведочио је и да је чуо Изетбеговића и верског поглавара Церића како разматрају „шта би се догодило ако би граната пала на Маркале“. После пар дана, 5. фебруара 1994, то се и десило, изјавио је сведок, тврдећи да је АБиХ испалила гранату на Маркале из рејона села Мрковићи.
Бивши мировни изасланик УН у Југославији Јасуши Акаши изјавио је на суђењу Младићу, да 1994-95, влада у Сарајеву, с охрабрењем из САД, није желела дугорочни споразум о примирју у БиХ, за разлику од Срба.
Јапански дипломата тврди је и да је истрага УН утврдила да су гранату на Маркалама могле да испале обе зараћене стране.
Још један сведок, чији је идентитет био заштићен псеудонимом ГРМ-097, изјавио је да су босански Срби били оптужени за Маркале и пре него што је истрага била окончана. У команду Унпрофора убрзо су, међутим, почеле да стижу информације које су оспоравале ту „претпоставку“.
Британски официр, који је био на лицу места, назначио је да би због високих зграда које окружују Маркале, путања минобацачке гранате морала бити готово усправна, што га је навело на закључак да је била испаљена „из непосредне близине“. „Крајње необичним“ назвао је то што је пијацу погодила само једна граната, ако се има у виду да је из минобацача неопходно испалити више пројектила да би се циљ погодио, што је ВРС обично и чинила.
И бивши званичник УНПРОФОР-а Дејвид Харланд (Давид) потврдио је данас на суђењу Ратку Младићу пред Трибуналом у хагу да је Армија БиХ снајперима пуцала на „плаве шлемове“ и цивиле у Сарајеву, и рекао да истрага Унпфорора у зиму 1994. није могла да утврди ко је био крив за страдање цивила на пијаци Маркале.
Никада није спроведена независна истрага о том нападу, као ни после експлозије готово на истом месту крајем августа 1995. године, која је послужила као покриће за масовне нападе авијације НАТО-а на Републику Српску.
