Улога Црне руке у Сарајевском атентату није сасвим јасна. По некима, Црна рука је организовала атентат заједно са српском владом и тако изазвала светски рат. Тврдње које можете наћи на хрватској Википедији познатијој као Ендехапедија о томе како је Црна рука контролисала Младу Босну не могу баш бити прихваћене.
И Гаврило Принцип и Недељко Чабриновић су касније тврдили да су се окренули црнорукцима само зато јер нису могли сами набавити оружје. Такође не можемо тврдити да су сви чланови Црне руке знали за заверу. Пуно је вероватније да су за план о атентату знали само неки, међу њима Апис, Танкосић и Малобабић. Понашање мајора Љубомира Вуловића указује на то да он није знао да ће атентат бити извршен. Кад смо већ код Малобабића, којег Ендехапедија издваја као главног организатора атентата. Иако је Апис заиста изјавио да је преко Малобабић био повезан са атентатом, српска полиција је Малобабића сматрала аустроугарским доушником. Да је српска влада била повезана са атентатом, зар би заиста у то увукла особу којој нису веровали?
Осврнимо се мало и на Народну Одбрану. Када је Апис обавестио вођство Народне Одбране, они су од њега тражили да се та завера заустави. Сам Апис је покушао да заустави атентат јер је сматрао Фердинанда највећим непријатељем Србије. Зашто би онда зауставио атентат на њега? Па, Апис је сматрао да, ако Фердинанд нестане, са њим ће нестати и препреке приближавању Аустроугарске и Србије, што није било нешто што је Апис желио.
Дакле, Црна рука је на крају покушала зауставити атентат. Ђуро Шарац, веза између Танкосића и атентатора, је послан у Босну да спречи атентат. 16. јуна Данило Илић се сусрео са њим. Илић је покушао да убеди Принципа да се од свега одустане, али Принцип и остали то нису желели. Чедомир Поповић, такође црнорукац, је касније говорио да Апис уопште није ни организовао заверу, већ да су то урадили искључиво припадници Младе Босне. Поново не налазимо никакав доказ да је званична Србија била умешана, а чак сазнајемо да се атентату противила и Црна рука.
