Иако је живот овог патријарха слабо познат у ширим круговима нашег друштва и данас су видљиви трагови његовог пастирског деловања. Ипак, најзначајнији тренутак његовог живота можда је управо био његов страшан крај, након кога се, достојно испунивши вишевековни задатак, угасила Карловачка митрополија. Наиме, у лето 1913. године, уморни патријарх Лукијан одлази на лечење у Јоакимову бању, близу Карлсбада, одакле је продужио на двонедељни боравак у Бадгаштајн. На пут је кренуо веома расположен, а како су то обичаји налагали, до железничке станице су га испратили придворни монаси. Треба напоменути да је у ондашњој јавности, иначе, придворним калуђерима веома замерано што дозвољавају да патријарх путује без пратње која би приличила његовом високом достојанству. Под притиском јавности, придворни монаси упозоравали су патријарха више пута на оваква негодовања, чак је и он сам, упркос томе што је управо волео да путује без раскоши и неког великог церемонијала, размишљао да задужи једног приватног секретара који би га пратио на путовањима. Међутим, на крају овај план није остварен и отпутовао је сам.
Препознатљиви иницијали
Околности његовог боравка биле су уобичајене, кад је, изненада, у седиште Карловачке митрополије стигла вест да је њихов архипастир нестао у поподневним часовима, у понедељак, 1. септембра. Наводно, упркос томе што су га познаници одвраћали, патријарх је, по лошем времену, кренуо у шетњу по оближњој планини, из које се те вечери није вратио. Кад се ни у уторак није појавио, месна жандармерија почела је да га тражи. Лоше вести су се убрто прошириле патријаршијом, па је заједно с епископима викарним и бачким, владика Мирон је замолио будимског владику Георгија Зубковића да у пратњи дворских монаха, протосинђела Викентија Вујића и архиђакона Иринеја Ћирића, отпутује у Бадгаштајн, с циљем да на тамошње власти изврши притисак који би их додатно подстакао на потрагу за несталим патријархом. Већ прве суботе након патријарховог нестанка, у реци Ахе нађени су први трагови који су суморно упућивали на место где се, највероватније, налази његово беживотно тело.
Најпре је нађено парче доњег рубља, а потом и део кошуље, с језичком на коме су, латиничним словима, били исписани иницијали Лукијана Богдановића. Они су савршено одговарали свим другим, извезеним на осталим кошуљама нађеним у патријарховој соби. Исто тако и материјал, као и име произвођача на нађеном комаду, били су истоветни осталим патријарховим кошуљама. Недуго потом, нађени су и други делови одеће, нажалост веома оштећени, тако да су се много теже могли повезати а несталим страдалником. Како су сви докази упућивали на корито реке Ахе, оно је свакодневно, од јутра до мрака, претраживано. Чак је одређена и награда од 1000 круна ономе ко први нађе патријархово тело. Кад су изморени жандарми обуставили потрагу, др Емил Васиљевић, шурак патријарховог брата, наставио је, уз помоћ још двојице људи, да стопу по стопу гази муљ потока, како би нашао остатке свог пријатеља и рођака. Коначно, кад је крајем октобра река опала, Васиљевић је у близини железничке станице Кламштајна, тридесетак километара од претпостављеног места несреће, нашао патријархов леш. Након што је стигла комисија, посебно састављена како би извршила обдукцију, ковчег с патријарховим остацима пренесен је до зида тамошње капеле где је, у присуству свештених лица, отворен. Комисија је утврдила идентитет тела још пре него што је у Дорф Гаштајн допутовала делегација Карловачке митрополије. Идентитет је утврђен на основу поправљених зуба у очуваној вилици, ципела и кошуље. Поред ових доказа, архиђакон Иринеј посведочио је да сви они који су патријарха добро познавали, могу „с највећом поузданошћу потврдити идентитет”.
Жртва завере?
О трагедији која је задесила Православну цркву писала је штампа широм простране Монархије. Тако су почеле да колају најмаштовитије гласине које су, на различите начине, објашњавале патријархову смрт. По једној од њих, патријарх је био жртва атентата, извршеног по жељи угарске владе, док је по другој помраченог ума готово несвесно упао у поток. Много се шапутало и о тајанственој душевној болести која је мучила несрећног Лукијана. Ипак, у својим записима тадашњи патријаршијски архиђакон Иринеј Ћирић оповргва такве тврдње.
Још пре него што је нађено његово беживотно тело, у мађарској штампи појавио се напис под насловом „Патријарх Богдановић убијен (??)”, у коме је, уз ограду да „поузданих вести још нема”, писано како је „патријарх Лукијан Богдановић пао као жртва јужнословенске завере” и да су га „завереници напали и убили”. И Павле Јоановић, државни секретар угарског премијера грофа Иштвана Тисе, упорно је тврдио како су патријарха у ствари убили српски завереници.
Коначно, ново светло на тајну патријархове смрти бачено је двадесетих година двадесетог века. Наиме, у јулу 1913. године, управо кад је патријарх Лукијан кретао на одмор, у Карлсбаду је неколико дана боравио архимандрит Георгије Видицки, настојатељ манастира Ковиља. Током његовог боравка у овој бајковитој бањи, архимандрита је на „поверљив разговор” позвао један неименовани мађарски гроф, који је био и „министар на расположењу”. Претпостављајући да је након неуспелог именовања за будимског владику, Видицки постао непријатељски расположен према патријарху, у току разговора, гроф му је поверио планове групе угарских политичара који су желели да по сваку цену Лукијана Богдановића онемогуће, морално или чак физички, да даље обавља своје архипастирске дужности. Георгије Видицки је с највећим презрењем одбио и саму помисао да буде саучесник у таквој подлости, а крајње необичан разговор који је водио с мађарским грофом, касније је објавио у „Патријаршијском гласнику” из 1922. године. Из овог потоњег сведочења извесно је да је одређени круг људи из врха монархије на умору желео да нестанком патријарха Лукијана Богдановића унесе смутњу и додатни немир међу Србе чије је остварење сна о животу у једној држави било све опипљивије.
